Pyhä Agnes on hyvin kuuluisa ja kunnioitettu roomalainen marttyyri: on olemassa hyviä perusteita uskoa, että hän oli marttyyri Deciuksen tai Valerianuksen aikana, vaikka jotkut pitävätkin häntä Diokletianuksen vainon uhrina.
Hän kuoli ollessaan vain 12-vuotias: Paavi Damasus viittaa paaluun, johon pyhimys olisi heittäytynyt. Marttyyrikuolemansa jälkeen pikku Agnesin ruumis sijoitettiin hänen perheensä omistamaan hypogeumiin Via Nomentanan vasemmalla puolella, jossa oli jo pintanekropoli yksittäisine hautoineen ja mausoleumeineen.
Tästä alkuperäisestä hypogeumista kehittyy pian maan alle laaja yhteisöllinen katakombiverkosto, kun siihen lisätään kunnioitettu hauta.
Erityisen huomion kohteena oli Agnesin hauta, joka oli paavi Liberiuksen aikana koristeltu marmorilaatoilla: yksi näistä laatoista on luultavasti se, joka on nykyisin esillä Honorian basilikan sisäänkäynnin portaikossa ja joka esittää nuorta tyttöä rukoilevassa asennossa kahden geometrisen kuvion sisältävän paneelin välissä.
Paavi Damasusalso puuttui Agnesin hautaan: hänen marttyyrille omistamansa kirjoitus on nykyään sijoitettu portaikkoon.
Roomalaisten vuosisatojen aikana nuorelle marttyyrille osoittama syvä palvonta auttoi koristamaan hänen pyhäkköään useilla rakennuksilla.
Lyhyen matkan päähän marttyyrin kunnioitetusta hautapaikasta, ehkä keisarilliselle kiinteistölle, rakennettiin roomalaisen sirkuksen muotoinen basilika, jossa oli eteinen, keisari Konstantinuksen tyttären ja Agnesin suuren palvojan Konstantinuksen (tai Konstanzin) käskystä.
Honorius I rakennutti nykyisen basilikan Via Nomentanalle, joka on puoliksi maan alla ja jonne pääsee majesteettisista portaista; sisätiloissa, joita edeltää narthex, on kolme kirkkolaivaa, joiden yläpuolella kulkee naisten galleria.
Apsiksen mosaiikki on loistava todiste varhaiskeskiaikaisesta roomalaisesta mosaiikkitaiteesta: se esittää Agnesia paavi Honoriuksen, joka kantaa kädessään kirkon mallia, ja luultavasti paavi Symmachuksen välissä.