Museossa on esitelty mielenkiintoisella tavalla Santanderin kaupungin merellistä historiaa muun muassa arkeologisten löytöjen avulla. Merenkululla on aina ollut tärkeä merkitys alueelle, ja museossa esitellään myös laivanrakennuksen historiaa. Lisäksi näyttelyissä voi tutustua alueen luonnonhistoriaan.
Maanalaisessa kerroksessa on akvaarioita, joista jokaiseen on rakennettu erilainen vedenalainen ympäristö. Tässä kerroksessa on näytteillä myös tieteellisiä välineitä ja muuta esineistöä, jotka ovat kuuluneet Augusto González de Linaresille. Hän oli espanjalainen eläintieteilijä, joka osallistui Espanjan ensimmäisen meribiologiakeskuksen perustamiseen vuonna 1886. Augusto G. Linaresin huoneessa on esillä suurien merinisäkkäiden luurankoja sekä näytteitä muista merieläimistä purkkeihin säilöttynä.
Toisen kerroksen näyttelyssä esitellään alueen kalastuselinkeinon historiaa sekä paikallisia kalastajayhteisöjä. Pääset tutustumaan entisaikojen kalastajien elämään sekä heidän käyttämiinsä veneisiin ja muihin esineisiin. Esillä on vaatteita, kalastusvälineitä, veneiden pienoismalleja ja muita esineitä. Museossa esitellään Biskajanlahden historiaa 2000 vuoden ajalta niin kaupankäynnin, tutkimusretkien kuin sodanaikaisen puolustuksenkin osalta.
Siirry seuraavaksi kolmanteen kerrokseen, jossa on esillä merivoimien historiaan liittyviä esineitä ja laivojen pienoismalleja sekä välineitä, jotka mahdollistivat merenalaisen maailman tutkimisen. Käy myös tutustumassa perinteisten kalastusalusten kehittymisestä kertovaan näyttelyyn. Tässä kerroksessa on myös kahvila ja terassi, jolta on hienot näkymät Santanderin lahdelle.
Cantabrian merenkulkumuseo on auki päivittäin, lukuun ottamatta maanantaita sekä muutamaa päivää joulun ja uudenvuoden aikaan. Museoon on pääsymaksu, josta eläkeläiset ja 5–12-vuotiaat saavat alennuksen. Museo sijaitsee lähellä Los Peligrosin rantaa. Bussipysäkki on vain parin minuutin kävelymatkan päässä. Museolla on pysäköintialue liikuntarajoitteisille vierailijoille.
