Paras alue majoittua San Juanissa on El Centron kaupunginosa, joka on kaupungin historiallinen ja kulttuurillinen sydän.El Centroa luonnehtivat sen historiallinen arkkitehtuuri, kapeat kadut ja vilkkaat aukiot. Se on erittäin kävelystävällinen, ja monet kaupungin tärkeimmistä nähtävyyksistä, kuten Plaza Bolívar ja San Juan Bautistan katedraali, ovat helposti saavutettavissa. Calle Realin ympäristö on erityisen tunnettu käsityöliikkeistään ja perinteisistä ruokapaikoista.Pariskunnille El Centro on erinomainen tukikohta kaupungin perinnön tutkimiseen. Illat tarjoavat mahdollisuuksia romanttisille kävelyretkille valaistuilla aukioilla, paikallisen musiikin ja intiimeissä ravintoloissa ruokailun nauttimiseen. Läheisyys museoihin ja taidegallerioihin tekee siitä myös kätevän kulttuuriretkiä varten.Yksin matkustaville El Centro tarjoaa eloisan ja mukaansatempaavan kokemuksen. Jatkuva toiminta kaduilla ja aukioilla tarkoittaa, että aina on jotain nähtävää tai tehtävää, ja on helppo tavata paikallisia tai muita matkailijoita lukuisissa kahviloissa ja baareissa.
