Parhaat alueet yöpymiseen Yogyakartassa ovat Malioboro Street keskeisen sijaintinsa ja vilkkaan toimintansa vuoksi, tai Prawirotaman ja Tirtodipuran rennomman, boutique-tyyppisen kokemuksen vuoksi.Malioboro Street on Yogyakartan sydän, joka kuhisee toimintaa aamusta iltaan. Se on pitkä, puiden reunustama katu täynnä katukauppiaita, jotka myyvät batik-kankaita, matkamuistoja ja paikallisia välipaloja. Täältä löydät runsaasti hotelleja, ravintoloita ja kauppoja, ja se on loistava paikka kokea paikallista kulttuuria. Kuuluisa Beringharjo Market on myös aivan Malioboron kupeessa.Ensikertalaisille Malioboro Street on erinomainen valinta keskeisen sijaintinsa ja helpon pääsyn moniin nähtävyyksiin vuoksi. Se on ihanteellinen tukikohta kaupungin tärkeimpien nähtävyyksien tutkimiseen, ja hevoskärryt ja becaksit (polkupyörätaksit) ovat helposti saatavilla lyhyille matkoille.Prawirotaman ja Tirtodipuran, joita usein kutsutaan "turistikyläksi", tarjoavat rennomman ilmapiirin. Nämä alueet tunnetaan boutique-hotelleistaan, majataloistaan, taidegallerioistaan ja kahviloistaan, joissa on usein modernimpi ja länsimaisempi tunnelma. Ne sijaitsevat hieman etelään kaupungin keskustasta, mutta ovat silti hyvin yhteydessä.Pariskunnat, jotka etsivät rennompaa ja mukavampaa oleskelua, suosivat usein Prawirotamia tai Tirtodipurania. Nämä kaupunginosat tarjoavat rauhallisemman pakopaikan nähtävyyksien katselun jälkeen, ja monissa paikoissa on uima-altaita ja miellyttäviä puutarhaympäristöjä.
