Paras aika matkustaa Malatyaan on kevät- ja syyskuukausina, erityisesti huhtikuusta kesäkuuhun ja syyskuusta lokakuuhun.Nämä ajat tarjoavat miellyttävää säätä, kohtuullisia lämpötiloja ja vähemmän kosteutta, mikä tekee siitä ihanteellisen kaupungin ja sen ympäristön tutkimiseen. Kesäkuukaudet voivat olla melko kuumia, usein yli 30 °C, mikä voi tehdä nähtävyyksien katselusta vähemmän mukavaa. Talvi tuo mukanaan kylmempiä lämpötiloja ja satunnaista lunta, rajoittaen ulkoilma-aktiviteetteja.Niille, jotka ovat kiinnostuneita maatalousturismista, erityisesti kuuluisista Malatyan aprikooseista, heinäkuun loppu ja elokuun alku ovat parhaita sadonkorjuuaikoja. Varaudu kuitenkin lämpimämpään säähän tänä aikana.