Vuosina1257–1265 rakennetulla Pyhän Klaaran basilikalla on suuri historiallinen ja hengellinen merkitys. Kirkko on saanut nimensä Pyhältä Klaaralta, Fransiskus Assisilaisen ystävältä ja suojatilta, jonka perustamassa klarissalaisten nunnakunnassa on yhä tuhansia jäseniä. Viereiseltä piazzalta on hieno näköala Assisin eteläpuolella oleviin laaksoihin, joten se on suosittu valokuvauspaikka.
Ennen kuin astut sisälle basilikaan, ihaile sen kaunista länsifasadia, jonka vaaleanpunaisten ja valkoisten kivirivien kummallakin puolella on massiivinen tukikaari. Kiinnitä erityistä huomiota kirkon etuseinää koristavaan, taidokkaasti kaiverrettuun ruusuikkunaan, jonka kummallakin puolella on leijonareliefi.
Kävele hitaasti kirkon laivaa, kunnes pääset pieneen apsidiin, jonka kuorin yllä on 1200-luvulla maalattu krusifiksi. Ihaile hetki 1100-luvulta peräisin olevaa puukrusifiksia laivan eteläpäässä olevassa Krusifiksipyhäkössä. Ristin sanotaan puhuneen Pyhälle Fransiskukselle San Damianossa ja kehottaneen häntä luopumaan ylellisestä elämästään palvellakseen Jumalaa ja kirkkoa.
Laskeudu avaraan uusgoottilaiseen kryptaan katsomaan Pyhän Klaaran hautaa. Pyhimyksen maallisia jäännöksiä säilytetään kryptan itäpäässä. Länsipäässä puolestaan on useita tärkeitä fransiskaanien pyhäinjäännöksiä, kuten Fransiskuksen ja Klaaran käyttämät tunikat sekä Klaaran hiuskihara. Krypta rakennettiin 1800-luvulla, jolloin Pyhän Klaaran jäänteet löytyivät pääalttarin alta.
Pyhän Klaaran basilikaan ei ole pääsymaksua. Se on avoinna joka päivä, mutta aukioloajat vaihtelevat vuodenajan mukaan. Kirkko on yleensä suljettu lounasaikaan. Vieraile basilikassa aamulla, jotta vältät ruuhkat – tänne tulee nimittäin joka päivä bussilasteittain turisteja. Saatat päästä todistamaan aamumessua, sillä basilika ei ole vain historiallinen nähtävyys vaan myös käytössä oleva palvontapaikka.
