Paras aika matkustaa San Cristobaliin on lämmin ja kostea kausi joulukuusta toukokuuhun.Näinä kuukausina sää on yleensä aurinkoinen ajoittaisine voimakkaine sadekuuroineen, ja keskimääräinen ilman lämpötila on noin 26 °C. Meri on myös lämpimimmillään, noin 25 °C:ssa, mikä tekee siitä ihanteellisen uimiseen, snorklaukseen ja sukellukseen. Meret ovat tyypillisesti tyynempiä tänä aikana, mikä voi johtaa mukavampaan kokemukseen veneretkillä saaren ympärillä ja lähistöllä oleville sukelluskohteille.Tämä kausi on erityisen hyvä niille, jotka ovat kiinnostuneita merieläinten tarkkailusta. Lämpimämmät vedet tuovat runsaasti kaloja, mikä tekee vedenalaisesta näkyvyydestä erinomaisen värikkäiden riuttakalojen, merikilpikonnien ja erilaisten rauskujen havainnointiin. Niille, jotka haluavat nähdä maalintuja, monet lajit pesivät tänä aikana, mikä tarjoaa hienoja mahdollisuuksia lintujen tarkkailuun.Vaihtoehtoisesti viileä ja kuiva kausi kesäkuusta marraskuuhun tarjoaa erilaisen kokemuksen. Vaikka ilman lämpötilat ovat hieman viileämpiä, keskimäärin 22 °C, ja veden lämpötilat laskevat noin 20 °C:een, tämä ajanjakso tunnetaan ravinteikkaista virtauksistaan. Nämä virtaukset houkuttelevat suurempia merieläimiä, kuten valaita ja kuuluisia Galapagosin pingviinejä, jotka ovat aktiivisempia näinä kuukausina. Jos pääasiallinen kiinnostuksen kohteesi on nähdä näitä tiettyjä eläimiä, tämä viileämpi kausi saattaa olla houkuttelevampi.Loppujen lopuksi valintasi riippuu prioriteeteistasi. Lämpimän, aurinkoisen sään ja erinomaisen yleisen merieläinten tarkkailun kannalta lämmin ja kostea kausi on paras.
